论文查重是评估学术作品原创性和学术道德性的重要环节。然而，在引用文献方面存在一些争议。那么，引用文献会被论文查重系统算作重复吗？

首先，论文查重的目的是发现原创性问题。因此，引用他人的观点和研究成果并不被认为是重复内容。引述他人的研究是学术写作的常见做法，有助于支持自己的观点并提供更全面的研究背景。在这种情况下，引用文献不会被算作重复内容。

然而，有些学者认为，引用文献应作为重复内容的一部分进行考量。这是因为，有些学术论文在引用他人的研究时可能过度依赖他人的发现，而未充分表达自己的观点和研究成果。这种情况下，引用文献可能导致重复的问题。

除此之外，一些论文查重软件和系统在计算相似度时可能会将引用文献算作重复内容。这主要是因为这些系统无法判断引用是否合理，只是简单地比较两个论文的相似性。因此，即使是合理的引用也可能被视为重复内容，从而影响查重结果。

综上所述，在论文查重的过程中，引用文献是否算作重复内容存在争议。鉴于学术写作常规和合理引用的存在，引用文献不应被视为重复内容。然而，仍有一些学者认为引用文献应纳入重复内容的考量范畴。此外，查重软件和系统的限制也可能导致引用文献被错误地算作重复内容。因此，在进行论文查重时，需要综合考虑以上各方面因素，对引用文献的处理要有辨证的态度。